¿El certificado SSL afecta a todo el sitio?
Dependerá del uso que quieras darle. El servicio cubre cada página de tu sitio web, dándote la oportunidad de aprovechar el sistema de sitio seguro en toda tu web.
Pero serás tú el que decida qué páginas específicas lo utilizarán, al armar tus botoneras y enlazar entre sí el contenido de tu web.